В процессе выполнения Агнихотры наряду с произношением мантр (звуковых вибраций), в строго определенное время (на восходе/заходе Солнца), в медной пирамиде (точно предписанного размера и формы) сжигаются лекарственные вещества (такие как сушенный коровий навоз, гхи). Коровий навоз известен своими дезинфицирующими свойствами. Когда мы жжем коровий навоз, дезинфицирующий эффект идет в атмосферу, и она очищается.

Тесты показали, что концентрация болезнетворных бактерий может быть значительно сокращена с помощью Агнихотры. Регулярной практикой Агнихотры можно контролировать производительность патогенных бактерий в окружающей среде.

Концентрация отрицательных ионов является важным показателем загрязнения воздуха: чем большее отрицательных ионов в воздухе, тем меньше загрязнение. Как правило, частицы дыма заряжены положительно. Это можно легко проверить, если дуть сигаретным дымом на прибор, измеряющий электрический заряд воздуха. Он покажет, что концентрация отрицательных ионов уменьшается. Но если вы поместите его над пирамидой во время выполнения Агнихотры, то он покажет более высокое содержание отрицательных ионов в дыме от огня Агнихотры. Это признак того, что Агнихотра очищает воздух вокруг пирамиды.