Atmosfære I denne proces af Agnihotra brændes medicinske stoffer (som kogødning, ghee) i et kobberkar af præcist foreskrevet størrelse og form sammen med bestemte mantraer (vibrationer) på bestemte tidspunkter (afstemt efter den grundlæggende biorytme ved solopgang/solnedgang). Kogødning er kendt for desinficerende egenskaber. Når vi brænder kogødningen, går denne desinficerende virkning til atmosfæren, og atmosfæren desinficeres og renses.
a) Eksperimenter udført med Agnihotra viste, at indendørs mikrobiel forurening reduceres kraftigt. Regelmæssig udførelse af Agnihotra kontrollerer patogene bakterier i et område.
b) Koncentrationen af negative ioner er en vigtig indikator for atmosfærisk forurening: Jo flere negative ioner i luften, desto mindre forurening. Normalt er røgpartikler positivt ladede. Dette kan nemt testes, hvis vi blæser cigaretrøg mod et instrument, der måler luftens elektriske ladning. Det vil vise, at koncentrationen af negative ioner bliver mindre. Men hvis du udfører Agnihotra og placerer det samme apparat over pyramiden, viser røgen fra Agnihotra-ilden et højere indhold af negative ioner. Agnihotra renser således luften i et område omkring pyramiden.