Během Agnihotry se v měděné nádobě přesně definovaného tvaru a velikosti pálí léčivé látky (sušený kravský trus a máslo ghí), společně za zpěvu určitých manter (vibrací), během přesně určeného okamžiku (ten je vyladěný na základní biorytmus východu a západu slunce). O kravském trusu se ví, že má dezinfekční vlastnosti. Když se sušený kravský trus spálí, tento dezinfekční účinek přejde do naší atmosféry, která se vyčistí a dezinfikuje.

a) Pokusy ukazují, že prostřednictvím Agnihotry se výrazně sníží výskyt patogenních bakterií. Pravidelné provádění Agnihotry tak ovlivňuje stav patogenních bakterií v jejím okolí.

b) Koncentrace záporných iontů je důležitý indikátor znečištěného ovzduší. Čím víc je záporných iontů ve vzduchu, tím je čistší. Za normálních okolností jsou částice kouře nabité kladně. To se dá snadno otestovat. Když se vypustí kouř z cigarety na přístroj pro měření elektrického náboje ve vzduchu, tak se ukáže, že koncentrace záporných iontů klesá. Když se bude provádět Agnihotra a měřit její kouř stejným přístrojem, pak se ve vzduchu změří vyšší úroveň negativních iontů. To je známka toho, že pomocí Agnihotry se okolní vzduch vyčistí.