Beim Agnihotra werden heilende Substanzen (wie Kuhdung und Ghee) in einem Kupfergefäß von genau vorgegebener Form und Größe zusammen mit bestimmten Mantras (Schwingungen) zu exakten Zeiten (abgestimmt auf die grundlegenden Biorhythmus von Sonnenaufgang / Sonnenuntergang) verbrannt. Kuhdung ist für seine desinfizierenden Eigenschaften bekannt. Wenn wir die Kuhdung verbrennen, geht diese desinfizierende Wirkung in unsere Atmosphäre und sie wird desinfiziert, gereinigt.

a) Versuche zeigten, dass krankheitserregende Bakterien durch Agnihotra stark reduziert werden. Durch regelmäßige Ausführung von Agnihotra werden pathogene Bakterien in der Umgebung kontrolliert.

b) Die Konzentration von negativen Ionen ist ein wichtiger Indikator für die Luftverschmutzung: Je mehr negative Ionen in der Luft, desto weniger Umweltverschmutzung. Normalerweise sind Rauchpartikel positiv geladen. Dies kann leicht getestet werden: Wenn wir Zigarettenrauch auf ein Instrument zur Messung der elektrischen Ladung der Luft blasen wird sich zeigen, dass die Konzentration von negativen Ionen abnimmt. Aber wenn man Agnihotra durchführen und mit dem gleichen Gerät den Rauch des Agnihotra-Feuers über der Pyramide messen, dann zeigt es einen höheren Gehalt an negativen Ionen an. Dies ist ein Anzeichen dafür, daß durch Agnihotra die Umgebungsluft gereinigt wird.